Planeta Ubuntu Mexico

Estoy en clase de maestría pero como que ya me aburrí... estamos viendo lo que es la web2.0 y escucho suspiros de mis compañeros cuando se habla de l web 3.0 como si estuvieran al pie de una montaña que apenas comienzan a subir y ven que después de una pequeña lomita hay todavía mucho más que subir...

Además en este módulo de educación a distancia me están enseñando cosas que ya sabía, cómo instalar moodle, qué significa moodle, a qué suena moodle, cómo cambiar los temas de moodle, cómo se lee moodle al revés...

Muchas de estas cosas las aprendí gracias a que trabajé con P00k4 en el CEXPE, se lo agradezco como siempre...

En fin, seguimos en clases :)

Estoy listo para el concierto !!!!

Para asomar un poco de vida a este blog aletargado… pondre una reflexion , ojala sea de su agrado… xD. El autor… o mas bien que me la conto… fue un antiguo instructor mio que ya hace tiempo que no lo veo, por ahi va un saludo, si algun dia lee esto

Imagina que… en primer lugar, te gustan las chavas… puedes ser hombre, mujer, o quimera xD. Un dia, te despiertas, y se te hace tarde para una reunion que tiene en juego tu empleo… te arreglas como puedes, ni desayunas y te echas a correr a la chamba… cuando estas a punto de salir, ves a la vecina… que esta como te la recetaste… desnuda… ella advierte tu mirada y se te insinua… algunas opciones…

Una, que se me hace la mas jodida… es ignorarla (que se te hace tarde); la segunda, irte sobres de la vecina valiendote un pepino la chamba… que sigue estando jodida… pero al menos sigues tus deseos xD

Y una tercera… le pasas tu tarjeta, le dices que tienes prisa… pero que te llame para que queden de cenar… que con mucho gusto se podrian… comer uno al otro xD

A mi cuando me conto eso, me impacto bastante, ya se como es el compañero de hambriento… xD, no es por eso, sino cuanta sabiduria esta impresa en relato tan guarro xD

Cuantas veces no pensamos en que solo hay de dos sopas… fideos y jodeos… y la de fideos se acabo… es una vil mentira… siempre hay cosas que uno puede hacer ante situaciones, solo no hay que cuadrarse

En el caso mencionado… si escojes irte a la chamba sin mas… o te reprimes sexualmente, o tienes esposa xD, si escojes irte sobres la compañera… deberias replantearte el trabajar de otra cosa, o al menos en otro lado…

La tercera se me hace mas sabrosa… jojojo… asi que… voy a imprimir mis tarjetas xD

Saludos!

Hace tiempo publiqué la Tarjeta de Referencia para Debian y sus derivados, pues en esta ocasión les comparto el Cubo de Referencia de comandos de Ubuntu, vía Ubuntu Life y re-hospedada en mi sitio por si desapareciera, que me ha pasado.

Disponible para su descarga aquí.

The 3rd DBCLS BioHackathon for interpreting biological knowledge with Semantic Web technologies will be held during 2010/2/ 8-12 in Japan.

Objectives

DBCLS is working on the integration of biological resources. To achieve this goal, we have been organizing BioHackathons since 2008 to survey existing efforts and develop integrated environments with open source software and public services. Themes of the hackathons evolved year by year, and we are continuously providing cutting edge developers with opportunities to gather for utilizing state of the art technologies to emerging demands in life sciences.

Facing to unprecedented amount and variety of biomedical data, it is required to consolidate related information and facilitate efficient interpretation of the accumulated biological knowledge. Therefore, we selected the Semantic Web as its main theme this year. Topics may include but not limited to:

• Queries
  • Targeted queries to be resolved by the Semantic Web technologies.
• Datasets
  • List currently available and/or still missing datasets (as Linked Data / RDF) to resolve the above queries.
• Stores
  • Develop our own or survey existing extensible storage systems for RDF triples and functional query interfaces.
• Tools
  • Develop common APIs among Open Bio* projects for RDF stores and SPARQL endpoints.
  • Develop a set of programs including loaders and converters for RDF data.
  • Develop supporting text mining systems and end-user applications.

About the Hackathon

The hackathon (hacking + marathon) basically is a camp where invited participants discuss current issues and implement software to solve them on site collaboratively. This kind of meeting is very effective for the intensive development of projects, because face-to-face meeting of the developers, who are usually scattered around the world, accelerates their communication and collaboration.

BioHackathon 2010 is sponsored by Database Center for Life Science ( DBCLS) and Computational Biology Research Center ( CBRC). DBCLS is a national center responsible for sustainable life science databases in Japan and CBRC is a national research organization for bioinformatics.

• DBCLS BioHackathon 2010 http://hackathon3.dbcls.jp/
• DBCLS BioHackathon 2009 http://hackathon2.dbcls.jp/
• DBCLS BioHackathon 2008 http://hackathon.dbcls.jp/
• DBCLS http://dbcls.rois.ac.jp/en/

Se ha abierto ya la convocatoria para presentar el examen de ingreso a la máxima casa de estudios de México la UNAM de la cual orgullosamente formo parte como académico, investigador y co-coordinador de área.

Es importante mencionar que existen tres modalidades de estudio en la UNAM:
Presencial. La clásica, vas y te sientas en tu banquita todos los días de la semana a escuchar al profesor.
Abierta. Vas solamente sábados a escuchar a los profesores, generalmente en un horario de 8 a 14 hrs-
Distancia. Totalmente en línea a través de aulas virtuales (basadas en moodle la mayoría) que administra cada facultad pero siempre liderados por la Coordinación de Educación Abierta y a Distancia.

En las modalidades abierta y a distancia no están disponibles todas las carreras que en la modalidad presencial, así que hay que ver si la que es de tu interés está en estas modalidades.

La presente convocatoria es para las 3 modalidades. Fechas importantes:

Para obtener más información y realizar todo el trámite ingresa a:
https://registro.dgae.unam.mx/Febrero2010/convocatoria.html

Aún estás a tiempo!

He notado que en donde trabajo tengo acceso directo a los "pizarrones electrónicos" que absolutamente nadie utiliza, cuando digo nadie es nadie, están detrás de un mueble!! de cabeza...

Creo que les hacen falta un par de piezas, un como proyector que lleva en la parte superior pero sería cosa de investigar.

Sirva esta entrada de blog como nota mental de revisar los componentes y echar a andar uno, además hay un montón de software para estas pizarras mágicas tanto para windows como para linux y porqué no, derivar una línea de investigación de ahí...

En mis tiempos de ocio he estado desarrollando un poco una versión lejana aún, pero parecida a Corona ya que lo necesito para probar otro proyecto, por el momento estoy trabajando en el Pipeline de “matching” que permite alinear lecturas de SOLiD(fragmentos o por pares) hacia un genoma de referencia, por lo que el parser del mapa de cromosomas esta terminado y efectivamente cumple su objetivo, básicamente en el primer Pipeline esta completo los siguientes puntos:

• parámetros requeridos completos y por el momento  solo -z(hits) , –tempdir (scratch) son viables.
• parser para el mapa de cromosomas esta completo, identifica los cromosomas y genera los directorios correctos.
• genera los scripts necesarios para proceso en cluster al igual que Corona(torque pbs)

La forma de llamar el primer Pipeline es:

jacob@jacob-mobile:~/Projects/ABCoronaLiteEmu/build$ mono matching_large_genomes_cmap_save_script.exe -csfasta /home/jacob/tmp/SOLiD/results/lpi/R3/file.csfasta -dir /home/jacob/tmp/SOLiD/results/lpi/matchingR3 -cmap /home/jacob/tmp/SOLiD/ref/human_validated.cmap -t 25 -e 4 -z 10 -tempdir /home/jacob/tmp

más delante comentare sobre los avances de cada Pipeline y las herramientas independientes.

Dejo aquí una imagen de los avances que hemos tenido en la construcción del aula virtual de la División. Obviamente es un proyecto que aún está muy verde y necesita mucha construcción visual, pero lo importante es que se ha logrado la conexión entre el moodle http;//decyvpoliticas-unam/aula y el mundo virtual 3D basado en Opensim, mismo que está instalado en nuestro servidor.

Aquí la isla:

Pronto estaremos publicando más avances en cuanto a esta herramienta. Lo siguiente es intentar reproducir un video y voz para conferencias virtuales.

En días pasados dejamos disponible Leonardo y un servidor una aplicación web sencilla para calcular la memoria necesaria de la computadora en el momento que vayamos a ejecutar Velvet para ensamblar un genoma a partir de lecturas pequeñas.es un factor  muy importante que hay que tomar en cuenta antes de trabajar.

Liga: http://denovoutils.appspot.com/velvetmem

copy-paste:

O fator limitante para a execução do Velvet é a quantidade de memória disponível no computador. Segundo essa
thread no fórum SEQAnswers forum a fórmula para calcular o uso da memória em kb é:

Ram required for velvetg = -109635 + 18977*ReadSize
    + 86326*GenomeSize + 233353*NumReads - 51092*K

Onde:

• ReadSize está em bases
• GenomeSize está em megabases
• NumReads está em milhões de reads
• E k é o tamanho do k-tamero utilizado pelo Velvet

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