xbitcarry, 08/02/2010 | Xbitcarry
Hace tiempo publiqué la Tarjeta de Referencia para Debian y sus derivados, pues en esta ocasión les comparto el Cubo de Referencia de comandos de Ubuntu, vía Ubuntu Life y re-hospedada en mi sitio por si desapareciera, que me ha pasado.
Disponible para su descarga aquí.
jacobnix, 02/02/2010 | Hackob
The 3rd DBCLS BioHackathon for interpreting biological knowledge with Semantic Web technologies will be held during 2010/2/ 8-12 in Japan.
DBCLS is working on the integration of biological resources. To achieve this goal, we have been organizing BioHackathons since 2008 to survey existing efforts and develop integrated environments with open source software and public services. Themes of the hackathons evolved year by year, and we are continuously providing cutting edge developers with opportunities to gather for utilizing state of the art technologies to emerging demands in life sciences.
Facing to unprecedented amount and variety of biomedical data, it is required to consolidate related information and facilitate efficient interpretation of the accumulated biological knowledge. Therefore, we selected the Semantic Web as its main theme this year. Topics may include but not limited to:
The hackathon (hacking + marathon) basically is a camp where invited participants discuss current issues and implement software to solve them on site collaboratively. This kind of meeting is very effective for the intensive development of projects, because face-to-face meeting of the developers, who are usually scattered around the world, accelerates their communication and collaboration.
BioHackathon 2010 is sponsored by Database Center for Life Science ( DBCLS) and Computational Biology Research Center ( CBRC). DBCLS is a national center responsible for sustainable life science databases in Japan and CBRC is a national research organization for bioinformatics.
manuelmeza, 24/01/2010 | Sheik
Se ha abierto ya la convocatoria para presentar el examen de ingreso a la máxima casa de estudios de México la UNAM de la cual orgullosamente formo parte como académico, investigador y co-coordinador de área.
Es importante mencionar que existen tres modalidades de estudio en la UNAM:
Presencial. La clásica, vas y te sientas en tu banquita todos los días de la semana a escuchar al profesor.
Abierta. Vas solamente sábados a escuchar a los profesores, generalmente en un horario de 8 a 14 hrs-
Distancia. Totalmente en línea a través de aulas virtuales (basadas en moodle la mayoría) que administra cada facultad pero siempre liderados por la Coordinación de Educación Abierta y a Distancia.
En las modalidades abierta y a distancia no están disponibles todas las carreras que en la modalidad presencial, así que hay que ver si la que es de tu interés está en estas modalidades.
La presente convocatoria es para las 3 modalidades. Fechas importantes:
Para obtener más información y realizar todo el trámite ingresa a:
https://registro.dgae.unam.mx/Febrero2010/convocatoria.html
Aún estás a tiempo!
manuelmeza, 24/01/2010 | Sheik
He notado que en donde trabajo tengo acceso directo a los "pizarrones electrónicos" que absolutamente nadie utiliza, cuando digo nadie es nadie, están detrás de un mueble!! de cabeza...
Creo que les hacen falta un par de piezas, un como proyector que lleva en la parte superior pero sería cosa de investigar.
Sirva esta entrada de blog como nota mental de revisar los componentes y echar a andar uno, además hay un montón de software para estas pizarras mágicas tanto para windows como para linux y porqué no, derivar una línea de investigación de ahí...
jacobnix, 12/01/2010 | Hackob
En mis tiempos de ocio he estado desarrollando un poco una versión lejana aún, pero parecida a Corona ya que lo necesito para probar otro proyecto, por el momento estoy trabajando en el Pipeline de “matching” que permite alinear lecturas de SOLiD(fragmentos o por pares) hacia un genoma de referencia, por lo que el parser del mapa de cromosomas esta terminado y efectivamente cumple su objetivo, básicamente en el primer Pipeline esta completo los siguientes puntos:
La forma de llamar el primer Pipeline es:
jacob@jacob-mobile:~/Projects/ABCoronaLiteEmu/build$ mono matching_large_genomes_cmap_save_script.exe -csfasta /home/jacob/tmp/SOLiD/results/lpi/R3/file.csfasta -dir /home/jacob/tmp/SOLiD/results/lpi/matchingR3 -cmap /home/jacob/tmp/SOLiD/ref/human_validated.cmap -t 25 -e 4 -z 10 -tempdir /home/jacob/tmp
más delante comentare sobre los avances de cada Pipeline y las herramientas independientes.
manuelmeza, 11/01/2010 | Sheik
Dejo aquí una imagen de los avances que hemos tenido en la construcción del aula virtual de la División. Obviamente es un proyecto que aún está muy verde y necesita mucha construcción visual, pero lo importante es que se ha logrado la conexión entre el moodle http;//decyvpoliticas-unam/aula y el mundo virtual 3D basado en Opensim, mismo que está instalado en nuestro servidor.
Aquí la isla:
Pronto estaremos publicando más avances en cuanto a esta herramienta. Lo siguiente es intentar reproducir un video y voz para conferencias virtuales.
jacobnix, 11/01/2010 | Hackob
En días pasados dejamos disponible Leonardo y un servidor una aplicación web sencilla para calcular la memoria necesaria de la computadora en el momento que vayamos a ejecutar Velvet para ensamblar un genoma a partir de lecturas pequeñas.es un factor muy importante que hay que tomar en cuenta antes de trabajar.
Liga: http://denovoutils.appspot.com/velvetmem
copy-paste:
O fator limitante para a execução do Velvet é a quantidade de memória disponível no computador. Segundo essa
thread no fórum SEQAnswers forum a fórmula para calcular o uso da memória em kb é:
Ram required for velvetg = -109635 + 18977*ReadSize
+ 86326*GenomeSize + 233353*NumReads - 51092*K
Onde:
Copyright Leonardo
manuelmeza, 09/01/2010 | Sheik
Ayer viernes 8 de enero durante una sesión del Diplomado en Gobernabilidad y Gerencia Política en la UNAM tuve la oportunidad de probar openmeetings a través de su módulo integrado con moodle.
He de decir que la cosa salió muy bien, no hubo necesidad de registrar a nadie, automáticamente conecta con moodle y su BD y crea el usuario listo para iniciar la videoconferencia.
La ponente fue Anna Laura Montiel y los que nos siguieron por alrdededor de 1 hr fueron participantes de todo el país, desde Baja California, hasta Veracruz.
Aquí una imagen:
Lo bueno fue que el servidor estuvo estable con alrededor de 10 personas participando y varias navegando en el moodle, lo malo es que el audio y el video se cortaban pero creo que bajando un poco la calidad y conectándolo a la red cableada (estaba a través de la RIU) mejorará la velocidad de subida y podrá ser una opción más.
manuelmeza, 08/01/2010 | Sheik
Pues luego de trabajar en vacaciones y un poco antes he logrado instalar en el servidor con linux un moodle 1.9, openmeetings rc1.0 y opensim.
La verdad es que ha sido una tarea complicada porque todo ha sido desde cero, afortunadamente la DECyV de la Facultad de Ciencias Políticas me ha dejado a cargo del servidor y me da luz verde para cualquier tipo de prueba mientras el resto del trabajo no se pare, osea, mientras no la riegue...
Openmeetings no ha sido probado con más de 2 usuarios, he encontrado que todo funciona excepto que algunas veces se va el audio, sin embargo también pude incluirlo en moodle a través de su módulo especial para eso.
Opensim corre muy bien, el único problema es que no tengo muchos conocimientos de arquitectura y de "render" por lo que la isla solo tiene una viga para sentarse y un presentador de diapositivas ja!
He instalado sloodle 1.0 para vincular las actividades de moodle con opensim, ha sido un problema también ya que apenas se está testeando y la mayoría de las cosas se hacen para seconf life no para opensim, pero es el futuro, el metaverso libre, no generarle más dineron a lindenlabs...
Aún no abro el acceso al público para que puedan probar esto pero puede que pronto lo haga.
Cabe mencionar que todo esto no solo es para beneficio de la división (y mi esparcimiento y diversión) sino también para mi tesis de maestría en comunicación y tecnología educativa en el ILCE así que tengo que reportar todo lo que haga y urge entregar el protocolo de investigación para febrer del 2010.
Saludos!
